Le marais de Boquilla est l'endroit idéal pour faire connaissance avec une grande partie de la biodiversité de la municipalité. Les plus visibles sont les oiseaux au coucher du soleil, en particulier les hérons noirs et blancs associés aux estuaires de mangrove qui laissent les touristes et les locaux bouche bée.
Il est entouré de mangrove Rizophora (rouge) et d'une petite parcelle de Thalassia testudinum (herbe à tortue). Le marais est associé à une communauté de macroinvertébrés, parmi lesquels les mollusques bivalves Brachidontes exustus, connus sous le nom de moules brûlées (lorsqu'elles meurent, elles se dessèchent et sont transportées sur la plage par le courant et sont connues sous le nom de caracuchas).
Il a une longueur maximale de 1000 mètres et une largeur maximale de 400 mètres. La profondeur moyenne du système ne dépasse pas 2 mètres et le substrat est principalement boueux-sableux, qui communique avec la mer par un canal de 4 mètres de large, 3 mètres de profondeur et 350 mètres de long.
